Cette école thématique a pour but principal la formation d'étudiant.e.s et personnels de recherche en écologie et évolution souhaitant développer ou appliquer des techniques de phénotypage haut-débit, notamment sur des espèces non-modèles. Elle permettra de faire un tour d'horizon des techniques et outils disponibles ou en développement permettant ainsi d'ouvrir le champ des possibles pour les équipes souhaitant caractériser des phénotypes complexes à large échelle et construire de nouveaux outils pour ces approches.

Mardi 21 mai après midi

14h - Accueil des participants

15h30 Introductions

Phénomique : définition, contexte, enjeux (Vincent Debat, ISYEB - Muséum)

-Morphologie: tour d'horizon des approches existantes (Raphaël Cornette, ISYEB - Muséum)

-Comportement: comment quantifier un comportement ? (Tom Van Dooren, IEES Paris)

-Chimie: quels mesures, quels traitements? (Benjamin Marie, MCAM - Muséum)

Soirée : Apéro-posters

 Mercredi 22 mai

Matin : Acquisition des données

Comportement : DeepLabCut (Niels Poulsen – Mathis Lab) https://www.mathislab.org/

Après-midi : Acquisition des données (suite)

Comportement :  DeepLabCut (suite) (Niels Poulsen – Mathis Lab)

Morphologie : Acquisition rapide de données 3D (Raphaël Cornette, Arnaud Delapré, ISYEB - Muséum)

Soirée : Table ronde 

Comment automatiser le phénotypage ? (Animée par Nicolas Navarro, BioGéoSciences, Dijon)

Agathe Puissant (ISYEB - Muséum) : Phénotypage automatique des patrons de coloration des papillons

Jeudi 23 mai

Matin : Acquisition des données (suite)

Phenopype (Moritz Lürig, Lund University) https://www.phenopype.org/

Après-midi : Analyse des données

Intégration de données omics (Séverine Zirah, MCAM - Muséum)

Analyse phylogénétique de données multivariées: mvMorph (Julien Clavel, LEHNA, Lyon)

Table ronde :

Espaces multidimensionnel et contraintes (Sylvain Gerber, ISYEB - Muséum)

Analyse de données phénomiques (animée par T. Van Dooren, N. Navarro et B. Marie)

Vendredi 24

Discussion avec les intervenants sur les divers projets des participants

Quels ponts entre les différents phénotypes ?

11h : Fin de l’école

Les inscriptions et le paiement sont gérées via ce lien

Azur colloque

 Alyssa Clavreul, AnaEE France, Grenoble

Benjamin Marie, MCAM, MNHN, Paris

Jean-François Le Galliard, IEES Paris

Nicolas Navarro, BioGeoSciences, Dijon

Raphaël Cornette, ISYEB, MNHN, Paris

Séverine Zirah, MCAM, MNHN, Paris

Sylvain Gerber, ISYEB, MNHN, Paris

Tom Van Dooren, IEES, Paris

Vincent Debat, ISYEB, MNHN, Paris

Violaine Llaurens, CIRB Collège de France, Paris